Masuknya para pekerja dan peserta latihan dari negara-negara Muslim ini, termasuk Indonesia pada 1990-an dan 2000-an menjadi salah satu alasan meningkatnya jumlah masjid secara bersamaan. Saat itu, jumlah peserta pelatihan dan pelajar yang belajar di luar negeri dari wilayah mayoritas Muslim semakin meningkat, begitu pula populasi penduduk Muslim jangka panjang.
Pada 2014 ada 80 masjid, melonjak menjadi 105 pada akhir 2018. Masjid banyak ditemukan di daerah dengan konsentrasi pabrik manufaktur yang besar, seperti daerah di dalam dan sekitar Tokyo, daerah metropolitan Chukyo di sekitar Nagoya di Prefektur Aichi, Jepang tengah, dan daerah Kansai Jepang bagian barat Osaka dan Kyoto.
Namun baru-baru ini, terjadi peningkatan tajam di antara mahasiswa dari negara-negara mayoritas Muslim di universitas regional, terutama di ibu kota prefektur, untuk memulai masjid baru. Profesor Tanada memperkirakan ada sekitar 200 ribu Muslim yang tinggal di Jepang. Di antara mereka, sekitar 43.000 diyakini warga negara Jepang, termasuk mereka yang pindah agama untuk menikah dengan pasangan Muslim.
Masjid terbesar di Jepang adalah Tokyo Camii di ibu kota Shibuya Ward. Masjid itu dapat menampung 700 hingga 800 orang untuk sholat Jumat. Jamaah berasal dari berbagai tempat, seperti Asia Tenggara, dunia Arab, dan negara-negara Afrika.
Beberapa orang bahkan tidak bisa memasuki gedung masjid yang penuh oleh jamaah sehingga harus menggelar sajadah di depan gerbang masjid. Masjid Camii juga memiliki kelas untuk Alquran dan Bahasa Arab.