Di sebuah ruangan berkubah di bawah kubah putih tersebut, terletak makam segi delapan, ruangan itu berisi sebuah peti kosong yang menandai keberadaan jasad di bawahnya. Itu adalah makam kaisar kedua Mughal, Humayun. Posisinya selaras dengan sumbu utara-selatan, sesuai tradisi Islam. Posisi kepala berada di utara sehingga jasad dapat diletakkan menghadap kiblat.
Fitur India yang paling menonjol dari arsitektur ini adalah paviliun yang ditinggikan dengan puncak berbentuk kubah berukuran kecil yang berada di atas atapnya. Selain itu, pengerjaan ubin hias dan batu ukir menjadi hal menonjol lainnya dari Makam Humayun. Ukirannya menampilkan elemen dekoratif India dan Persia.
Sedangkan, Makam Humayun yang sesungguhnya berada jauh di bawahnya, di sebuah ruangan bawah tanah, tepat sejajar di bawah peti tersebut. Ruangan bawah tanah tersebut dapat diakses melalui sebuah jalan lain di luar bangunan utama. Area ini tertutup dari kunjungan publik.
Ruangan utama tersebut juga menyimpan elemen simbolis. Misalnya, sebuah mihrab yang menghadap ke arah Makkah di mana terdapat pahatan Alquran surah an-Nur. Melalui mihrab ini pula, cahaya dari luar masuk ke dalam ruangan. Arah datangnya cahaya, yakni kiblat, menggambarkan status kekaisaran yang dekat dengan keilahian.