Lulusan doktor politik Massachusetts Institute of Technology Amerika Serikat ini dikenang baik oleh para sahabatnya, misalnya oleh Prof Suyanto, mantan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta. Di mata Suyanto, beliau sangat menghargai sahabat. Bahkan pernah, “Mobil Menteri digunakan untuk menjemput saya yang orang desa,” kenangnya. Beliau mendesakralisasi jababatan.
“Beliau pribadi yang sangat sabar, santun, istiqamah,” ujarnya.
Ketua Majelis Dikdasmen PP Muhammadiyah Sungkowo Mujiono memiliki kisah menarik tentang almarhum. Ketika di Dikdasmen Kemendikbud, beliau tahu stafnya yang kompeten di bidang apa, beliau tahu kemampuan stafnya. “Beliau sangat rendah hati. Saya hanya staf, tapi diperlakukan sangat luar biasa. Saya disuguhi makan dan dilayani langsung oleh Pak Yahya. Pemimpin yang sangat melayani.”
Di Majelis Dikdasmen PP Muhammadiyah, Sungkowo mengenang cara almarhum memimpin. “Beliau sering meminta saya memimpin rapat meskipun beliau datang, saya hanya wakil ketua, tapi beliau mempersilahkan saya memimpin rapat.” Kepada semua orang, kata Sungkowo, almarhum memanggil dengan sebutan 'mas' sehingga terkesan tidak berjarak dan terasa akrab.
Direktur Utama BPJS Kesehatan Ali Ghufron Mukti merasa sangat kehilangan. Sebelum meninggal, ia sudah berencana mengunjungi Prof Yahya, namun rencana ini belum terwujud dan beliau telah mendahului. Ghufron juga mengenang beliau ketika menghadapi polemik terkait hasil disertasinya yang dibukukan oleh LP3ES dan menuai protes dari banyak pengusaha, yang sedikit kontroversi, tapi beliau tidak goyah dan tidak arogan.