Adapun pembentukan unit eselon I ini guna mengurus kebijakan dan layanan Pondok Pesantren. Selain itu juga merupakan salah satu langkah dalam Peta Jalan Kemandirian Pesantren. Hal ini dikemukakan Staf Khusus Menteri Agama Nuruzzaman saat menjadi narasumber dalam Orientasi Manajemen Pengembangan Pondok Pesantren, di Makassar, Sulawesi Selatan.
"Dalam waktu dekat pesantren tidak lagi diurusi oleh direktorat saja, namun kemenag telah berupaya untuk membentuk satu Dàirektorat Jenderal tersendiri, sehingga posisi pesantren akan menjadi jauh lebih strategis," ungkap Nuruzzaman.
Sebelumnya, Menteri Agama Yaqut Cholil Qoumas telah menetapkan Kemandirian Pesantren sebagai salah satu program prioritas Kemenag di bawah kepemimpinannya.