Haeruddin mengemukakan tetap memberi pengarahan terhadap perencanaan pekerjaan agar lebih baik dan berkualitas hingga rampung sampai waktu yang ditentukan.Pemerintah Provinsi Sulawesi Selatan menganggarkan pembangunan Masjid 99 Kubah dengan total anggaran Rp210 miliar, pengerjaan tahap I dan II di tahun 2017-2018 menelan anggaran Rp134 miliar.
Sementara pada tahap III tahun 2021 ini, Dinas PUTR menyiapkan pagu sebanyak Rp24,5 miliar untuk pengerjaan fungsional dengan masa pengerjaan selama enam bulan, April - Oktober 2021. Sementara pada proses lelang pengerjaannya dianggarkan sebesar Rp23 miliar.
"Itu pun belum final, jangan sampai dananya bisa efisiensi, namun tentu kualitas tetap terjaga termasuk bahannya. Tergantung review desain perencanaan, nanti kita akan lihat berapa dari total anggaran yang ada," ujar dia.
Adapun pengerjaan fungsional seperti perbaikan atap bocor, pengerjaan bagian kiblat, halaman utama lantai satu masjid hingga area suci dan seluruh anak tangga masjid, pengerjaan basement untuk pelataran masjid dan pengerjaan tempat wudhu pria dan wanita. Selanjutnya akan dilakukan review desain dengan melihat kembali dimensi pengerjaan pada masing-masing bagian operasional masjid.