Para pemimpin Partai Bharatiya Janata yang berkuasa sering menjelekkan madrasah sebagai pusat "indoktrinasi" Islam. Beberapa pemimpin partai yang berkuasa bahkan menyebut mereka sebagai pusat terorisme dan tempat berkembangnya fundamentalisme.
Aktivis Muslim mengatakan keputusan menutup madrasah sejalan dengan agenda anti-Muslim BJP. Dipimpin oleh Perdana Menteri Narendra Modi, BJP telah meloloskan serangkaian undang-undang selama beberapa tahun terakhir yang menurut para kritikus diskriminatif atas dasar agama.
“Pemerintah intoleran terhadap minoritas. Tidak mau mendanai madrasah. Mereka (pemerintah) bertindak dengan maksud negatif. Kalau kita bicara kesejahteraan pendidikan minoritas maka pendidikan agama punya peran penting. Itu juga punya peran penting dan dijamin dalam konstitusi India,” ucap Juru Bicara Nasional dari Indian Muslim Foundation, Shoaib Jamayee.