Ketika Malaka berada pada puncak kejayaannya, dan bahkan telah menjadi pusat penyebaran teologi Islam, banyak khatib bermigrasi ke kepulauan Melayu lainnya untuk menyebarkan keyakinannya. Namun, pada tahun 1511, pusat perniagaan Islam internasional ini jatuh ke tangan Portugis.
Akibatnya, para anggota keluarga raja melarikan diri ke daerah lain sebagai pengungsi. Beberapa di antaranya mendirikan kerajaan-kerajaan baru, kemungkinan termasuk sebuah kerajaan di sepanjang pantai barat Mindanao. Para pendiri dan para penerusnya mulai membentangkan kekuasaan mereka ke arah selatan, yang sekarang menjadi Provinsi Cotabato.
Jatuhnya Malaka mendorong Brunie untuk muncul ke pentas berbagai kekuatan kelautan dan perniagaan Melayu yang terkemuka. Pada tahun 1520, jumlah pedagang dan khatib Islam Kalimantan yang tiba di Filipina meningkat. Juga pada waktu itu Manila telah menjadi sebuah kerajaan Islam di bawah pemerintah datu atau rajah, yang merupakan sanak sultan Brunei.