Implementasi kebijakan SKB seolah-olah melindungi maupun menguntungkan pihak JAI. Dalam implemtasi kebijakan SKB menurut para pemuka agama sangat sulit karena pihak JAI kalau diundang tidak mau hadir. Faktor penghambat para pemuka agama dalam implementasi SKB adalah karena kewenangan dalam pembinaan JAI hanya dilimpahkan kepada pihak Kementerian Agama saja; sedangkan faktor pendorongnya adalah bila pemuka agama diikutkan dalam kegiatan pembinaan oleh pihak Kementerian Agama. Saran pemuka agama kepada pemerintah adalah walaupun sosialisasi SKB belum maksimal, sebaiknya pelimpahan wewenang dalam pembinaan terhadap JAI jangan dibatasi kepada pihak Kementerian Agama saja, melainkan juga kepada para pemuka agama dan Ormas-ormas Islam.
Kedua, walaupun pelaksanaan sosialisasi PBM telah mendapatkan dukungan dari Pemerintah Daerah maupun Majelis-majelis agama di daerah, namun sosialisasinya masih belum sampai ke tingkat bawah. Implementasi kebijakan PBM menguntungkan pihak mayoritas; Selain itu berdasarkan hasil analisis kuantitatif menyatakan bahwa pemahaman pemuka agama terhadap substansi PBM baru mencapai 52 persen dan umat Islam cenderung menghendaki PBM ditingkatkan menjadi Undang-undang (67 persen), sementara non muslim cenderung menolak.
Implementasi kebijakan PBM yang dilakukan para pemuka agama dalam kegiatan sosialisasi peserta yang diundang hanya terbatas untuk kalangan tertentu saja, sehingga dalam pelaksanaan sosialisasi berulang kali yang datang itu-itu saja orangnya. Faktor penghambat dalam implementasi PBM menurut para pemuka agama adalah yang hadir dalam sosialisasi orangnya tidak nampak dari kalangan bawah;
Pelaksanaan sosialisasi PBM menurut para pemuka agama yang paling mendorong adalah karena mendapatkan dukungan dari pemerintah daerah maupun majelis-majelis agama, namun yang menjadi hambatan adalah sosialisasinya belum menyentuh masyarakat bawah. Saran pemuka agama kepada pemerintah adalah walaupun pelaksanaan sosialisasi PBM telah mendapatkan dukungan dari pemerintah daerah maupun majelis-majelis agama sarannya adalah sosialisasinya lebih ditingkatkan untuk ormas-ormas keagamaan dan masyarakat kalangan bawah.
Dari hasil simpulan di atas, ada beberapa hal yang perlu diperhatikan bagi pemerintah, yaitu pertama, walaupun pelaksanaan sosialisasi SKB belum maksimal dan dana belum tersedia, sebaiknya buku saku tentang SKB perlu diperbanyak dan dibagikan kepada para tokoh Agama dan para Ormas Islam. Kedua, sosialisasi PBM walaupun telah mendapatkan dukungan dari pemerintah daerah dan para majelis agama, namu dalam kegiatan sosialisasi pesertanya jangan itu-itu saja.
Ketiga, sosialisasi SKB perlu ditingkatkan untuk semua kalangan, karena pemahaman pemuka agama terhadap SKB baru mencapai 33 persen, selain itu kewenangan dalam melakukan pembinaan terhadap JAI jangan hanya dilimpahkan kepada pihak Kementerian Agama saja. Keempat, pemahaman pemuka agama terhadap substansi PBM baru mencapai 52 persen oleh karena itu perlu juga ditingkatkan sosialisasinya bagi ormas keagamaan dan masyarakat kalangan bawah, dan Kelima, pihak Kementerian Agama perlu mengadakan pendekatan secara persuasif kepada pihak JAI dalam melakukan pembinaan.