Abad ke-14
Beberapa hasil temuan sejarah menunjukkan bahwa tradisi penulisan naskah Islam di wilayah Indonesia sudah dimulai sejak abad ke-14 M.
Manuskrip Islam tertua di Indonesia ditemukan di daerah Minye Tujoh, Aceh. Manuskrip ini bernama Prasasti Minye Tujoh yang ditulis pada 1310 M. Prasasti tersebut berupa syair tentang keislaman yang ditulis dalam bahasa Melayu dengan huruf Arab.
Karena itu, para pakar sepakat bahwa perkembangan karya ulama nusantara yang ditulis dengan huruf Jawi sudah berkembang pada abad ke-14 M, yakni pada masa Kesultanan Samudera Pasai.
Di Aceh, pada abad ke-16-17, terdapat cukup banyak penulis manuskrip, misalnya, Hamzah Fansuri yang dikenal sebagai tokoh sufi ternama pada masanya.
Kemudian, ada Syekh Nuruddin Ar-Raniri yang dikenal sebagai ulama yang juga bertugas menjadi qadli dan mufti di Kesultanan Aceh pada masa pemerintahan Sultan Iskandar Tsani pada abad ke-16. Salah satu karyanya yang terkenal berjudul Bustanul Salatin.
Syekh Abdul Rauf Al-Singkili yang juga ditetapkan sebagai mufti dan qadli di Kesultanan Aceh juga menulis naskah-naskah keislaman. Karya-karya mereka tidak hanya berkembang di Aceh, tetapi juga menyebar ke seluruh Sumatra, Semenanjung Malaka, sampai ke Thailand Selatan.
Karya-karya mereka juga memengaruhi pemikiran dan awal peradaban Islam di Pulau Jawa, Sulawesi, Kalimantan, Nusa Tenggara, kepulauan Maluku, Buton, hingga Papua. Di beberapa daerah itu, juga terdapat peninggalan karya ulama Aceh ini.
Karena itu, tak mengherankan jika pada abad ke-16-17, di daerah lainnya juga ditemukan manuskrip, seperti Hikayat Raja-Raja Pasai, Hikayat Melayu, Sejarah Melayu Malik, Hikayat Aceh, Hikayat Hasanuddin, Babad Tanah Jawi, Babad Cirebon, Babad Banten, atau Purwaka Caruban Nagari.
Di Nusa Tenggara, ditemukan Syair Kerajaan Bima dan Bo' Sangaji Kai Catatan Kerajaan Bima. Di Maluku, ada Hikayat Hitu. Di Sulawesi, ada Hikayat Goa, Hikayat Wajo, dan lainnya.
Pegon
Manuskrip Islam yang ditulis dalam bahasa dan huruf Arab serta Jawi (berhuruf Arab, tetapi berbahasa Melayu) banyak ditemukan di berbagai wilayah di Indonesia, seperti Aceh, Riau, Lingga, Jambi, Kerinci, Palembang, Minangkabau, Betawi, Bima, Pontianak, Mempawah, dan Banjarmasin.
Sementara itu, manuskrip berhuruf Pegon umumnya ditemukan di wilayah Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Jawa Barat. Contoh karya tertua berhuruf Pegon adalah karya Sunan Bonang atau Syekh Al-Barri yang berjudul Wukuf Sunan Bonang.
Karya yang ditulis pada abad ke-16 ini menggunakan bahasa Jawa pertengahan bercampur dengan bahasa Arab. Manuskrip ini merupakan terjemahan sekaligus interpretasi dari Kitab Ihya Ulumuddin karya Imam Al-Ghazali. Manuskrip ini ditemukan di Tuban, Jawa Timur.
Dalam karyanya, Sunan Bonang menulis, ''Naskah ini dulu digunakan oleh para waliyullah dan para ulama, kemudian saya terjemahkan dan untuk para mitran (kawan-kawan) seperjuangan dalam menyebarkan Islam di tanah Jawa.''
Karya ini merupakan contoh bahwa pada abad ke-16, sebagai masa pertumbuhan kerajaan Islam di nusantara, dalam waktu yang sama juga berkembang karya para ulama yang berperan besar dalam penyebaran Islam di nusantara.