Ali Chaidar menilai kesulitan dalam penindakan terhadap Al Zaytun dan Panji Gumilang adalah karena adanya kekuatan besar di tingkat elit pejabat yang melindungi. Di mana, para pejabat tersebut, kerap memperoleh dana dari Al Zaytun.
"Karena dilindungi oleh kekuatan-kekuatan intelijen. Kekuatan intelijen itu tidak institusional sifatnya. Tetapi lebih kepada bersifat personal. Jadi ada orang-orang tertentu yang merasa ini periuk nasi mereka, kalau diganggu, jadi mereka kan tidak korupsi dari Negara, mereka mengambilnya dari umat islam itu," katanya.
Menurut Al Chaidar, kedepannya pemerintah dapat mengambil alih pengelolaan Al Zaytun dan melakukan pembinaan terhadap para santri, wali santri dan guru. Namun, menurutnya yang terpenting juga adalah menyeret Panji Gumilang ke pengadilan atas sejumlah kasus di antaranya penyerobotan tanah warga Indramayu, kasus pelecehan seksual karyawati Al Zaytun, hingga kasus pencucian uang dari dana yang dikumpulkan masyarakat.
"Penegakan hukum perlu dilakukan pemerintah, itupun kalau mampu. Karena pasti jendral-jendral yang dibelakang Al Zaytun ini melakukan manuver-manuver karena mereka memiliki jejaring kuasa, pengaruh di berbagai lini. Yang sulit bagi pemerintah untuk bisa mengabaikan pengaruh-pengaruh kekuasaan itu," katanya.