Otoritas telah memperingatkan masjid-masjid yang tidak menghormati aturan kebersihan akan ditutup. Layanan Tajik Radio Liberty mengatakan, setidaknya Tajikistan memiliki 4.000 masjid yang terdaftar.
Pada 4 Maret 2020, masjid di Tajikistan ditutup untuk sholat berjamaah untuk mewaspadai bahaya epidemi virus corona. Namun, upacara penguburan tetap diizinkan, menyusul keputusan yang dibuat oleh Majelis Ulama (lembaga Islam tertinggi di Tajikistan) pada 3 Maret 2020 yang menyatakan masjid menangguhkan pertemuan publik, termasuk sholat Jumat.
Seruan yang dipublikasikan di situs Pusat Islam Tajikistan menyatakan, "Untuk mencegah infeksi dan penyebaran virus di antara penduduk negara, diputuskan untuk sementara waktu menolak melakukan sholat berjamaah, kecuali melakukan sholat jenazah."
Masjid-masjid di negara itu sempat dibuka kembali untuk sholat berjamaah pada 20 Maret 2020. Namun, pada 17 April 2021, Majelis Ulama membuat keputusan untuk menutup masjid kembali mulai 18 April guna melindungi dari virus corona.