Penasihat Presiden terpilih Joe Biden percaya pemerintahan Trump sedang berusaha mempersulitnya untuk terlibat kembali dengan Iran. Upaya agar Iran bergabung kembali dengan kesepakatan internasional tentang program nuklir juga diyakini bisa semakin terhambat.
Pompeo menuduh Iran memiliki hubungan dengan Alqaidah di masa lalu tetapi belum memberikan bukti konkret. “Ada kalanya Iran bekerja sama dengan Alqaidah,” kata direktur CIA Pompeo pada Oktober 2017.
Tuduhan sebelumnya oleh pemerintahan George W. Bush terkait hubungan Iran dengan serangan Alqaidah terkait peristiwa 11 September 2001 di Amerika Serikat telah juga diurungkan. Namun laporan telah muncul selama bertahun-tahun tentang operasi Alqaidah yang bersembunyi di Iran.
Seorang mantan pejabat senior intelijen AS dengan pengetahuan langsung tentang masalah tersebut mengatakan Iran tidak pernah bersahabat dengan Alqaidah sebelum atau setelah serangan 11 September dan klaim kerja sama saat ini harus dilihat dengan hati-hati. Karena Iran berpaham Syiah dan Alqaidah adalah sebuah organisasi militan Muslim Sunni yang telah lama menjadi musuh sektarian.