Mengenai keberpihakan media pada pelengseran Gus Dur seperti ditulis dalam buku Aom Karomani terhadap dua media Republika dan Kompas, Mantan Redaktur Senior Republika Anif Punto Utomo mengatakan, kedua media (Republika dan Kompas) mendukung SI namun kadar pemberitaannya berbeda.
Mengenai kebijakan redaksi Republika, ujar dia, dari awal sikap Republika mendukung Gus Dur yang maju pada poros tengah. "Saya yang harusnya ditugasi di kantor, tapi saya izin ikut serta masuk dalam SI di DPR saat itu. Jadi, kondisi dan suasana politik saat itu, dapat ketahui di dalam gedung DPR," kata Anif, yang juga banyak menulis buku yang aktual.
Menurut dia, pelengseran Gus Dur menjadi sejarah berulang dari presiden sebelumnya seperti Presiden Sukarno, Soeharto, BJ Habibie, dan Gus Dur, yang tidak selesai hingga masa jabatannya.
Dia mengatakan, dalam perjalanan Gus Dur menjadi presiden banyak kebijakan dan keputusan Gus Dur yang mulai mengecewakan publik. Dan hal itu, lanjut dia, ditangkap semua parlemen kecuali PKB, sehingga muncullah wacana mengakomodasi SI dengan mencari alasan kasusnya, seperti Bulog Gate, Brunei Gate, penunjukkan Chairuddin sebagai kapolri, dan lainnya.
Padahal, Gus Dur banyak memberikan hal positif seperti TNI kembali ke barak, adanya toleransi antarumat beragama dan entitas masyarakat, masalah Papua, dan lainnya. "Untuk memperkuat sikap media (berpihak atau tidak), dilihat dari tajuk media di halaman opini. Ini masalah politik bukan masalah hukum," ujarnya.