Kutaiba baru berhasil memaksa penguasa baru itu menyerah tahun 93 H/712 M setelah sebelumnya mengepung kota Samarkand beberapa lama. Samarkand dan Bukhara menjadi pangkalan penyebaran Islam ke Cina, India, dan Rusia.
Rusia bahkan pernah takluk selama tiga abad di mana adipati Moskwa membayar upeti kepada pemerintahan Bukhara setiap tahun. Tapi lambat laun, kekuatan Samarkand melemah. Ini terjadi karena kaisar-kaisar Rusia berhasil merebut wilayah-wilayah Islam kembali. Benteng Islam pertama di Transoksania (benteng Aq Masjid) jatuh ke tangan Rusia tahun 1852 M.
Setelah Republik Uzbekistan merdeka, kota Samarkand masuk ke dalam wilayah Republik Uzbekistan. Kini Samarkand terkenal dengan industri kertas, tekstil, dan karpetnya. Di samping itu banyaknya jumlah sekolah di sana mengindikasikan betapa besar perhatian penduduk setempat terhadap ilmu pengetahuan.
Kota para pelajar, itulah julukan Samarkand di masa lalu. Di sini terdapat sejumlah ulama terkemuka seperti Muhammad Addi As-Samarkandi, Abu Manshur Maturidi, Abul Hasan Maidani, Ahmad ibn Umar, Abu Bakr As-Samarkandi, Muhammad ibn Mas'ud As-Samarkandi (penyusun Tafsir Al-Iyasyi), Alauddin As-Samarkandi, Najibuddin As-Samarkandi, Abul Qasim Al-Laitsi As-Samarkandi dan Qadi Zadah Ar-Rumi. Makam Imam Bukhari rahimahullah, penulis buku Hadis sahih yang paling autentik, terdapat pula di Samarkand. Kurang lengkap rasanya bila tidak mengungkap sedikit riwayat hidup Imam Bukhari ini.