Masa penjajahan
Pada masa pemerintahan kolonial Belanda, peradilan agama mendapat pengakuan secara resmi.
Pada 1882, pemerintah kolonial Belanda mengeluarkan Staatsblad (Stbl) No 152 yang merupakan pengakuan resmi terhadap eksistensi peradilan agama dan hukum Islam di Indonesia. Secara kelembagaan juga dibentuk lembaga peradilan agama dengan nama Priesterraad.
Dalam implementasinya, keberadaan Priesterraad ini memiliki istilah yang berbeda-beda di setiap wilayah. Untuk wilayah Jawa dan Madura, digunakan istilah Pengadilan Agama untuk tingkat pertama dan Mahkamah Tinggi Islam untuk tingkat banding, sesuai dengan Stbl 1882 Nomor 152, Stbl 1937 Nomor 116, dan Stbl 1937 Nomor 610.
Sementara untuk wilayah Kalimantan Selatan dan Kalimantan Timur dengan nama Kerapatan Qodhi untuk pengadilan tingkat pertama dan Kerapatan Qodhi Besar untuk tingkat banding. Ketentuan ini diatur dalam Stbl 1937 Nomor 638 dan 639.
Keberadaan lembaga peradilan agama mendapat perhatian umat Islam, seiring dengan makin berkembang dan meluasnya ajaran Islam ke berbagai wilayah pelosok nusantara. Dan lembaga peradilan agama ini menjadi alat kelengkapan bagi masyarakat untuk melaksanakan hukum Islam.
Hal inilah yang kemudian mendorong tumbuh dan berkembangnya peradilan agama di wilayah Indonesia. Jika di masa penjajahan, jumlah Pengadilan Agama masih sangat terbatas. Setelah Indonesia merdeka, jumlah Pengadilan Agama bertambah terus, baik di wilayah Jawa maupun di pulau lainnya.
Mengenai wewenang, lembaga peradilan agama di masa penjajahan memiliki kewenangan yang hampir sama dengan saat ini. Yang membedakan hanyalah lembaga peradilan agama di luar Jawa dan Madura semasa penjajahan Belanda mempunyai wewenang yang lebih luas.
Namun, sekarang hal itu disesuaikan dengan wewenang yang ada di Jawa dan Madura, karena Jawa dan Madura dijadikan sebagai contoh untuk Pengadilan Agama lainnya.
Pada masa pendudukan Jepang, keberadaan lembaga peradilan agama tidak mengalami perubahan, kecuali namanya diubah ke dalam bahasa Jepang, yaitu Sooryo Hooin. Sementara dari sisi aturan perundangan, undang-undang yang mengatur peradilan agama pada masa Pemerintahan Jepang sama dengan perundang-undangan di masa Pemerintahan Belanda.