3. KH Hasan Basri (1985-1998)
KH Hasan Basri adalah Ketua Umum MUI yang menjabat pada periode 1984-1998. Ia lahir pada 20 Agustus 1920 di Muara Teweh, Barito Utara Provinsi Kalimantan Tengah. Putra pasangan Muhammad Darun dan Siti Fatimah binti Haji Abdullah ini juga dikenal sebagai tokoh ulama Muhamamdiyah.
Kiai Hasan Basri terpilih sebagai Ketua Umum MUI selama tiga periode. Ia menjadi Ketua Umum MUI pada Munas MUI Ketiga untuk periode 1985-1990. Kemudian, terpilih lagi menjadi Ketua Umum MUI Pusat pada Munas keempat periode 1990-1995. Dan terpilih lagi menjadi Ketua Umum pada Munas kelima periode 1995-2000. Kiai Hasan Basri memimpin MUI hingga wafat pada 8 November 1998.
4. Prof KH Ali Yafie (1998-2000)
Prof KH Ali Yafie adalah seorang ulama NU yang dipercaya sebagai Ketua Umum MUI, menggantikan KH Hasan Basri. Ia juga dikenal sebagai seorang ulama yang juga aktif menulis serta menelurkan buku-buku keislaman, khususnya di bidang fikih.
Kiai Ali Yafie lahir di Donggala, Sulawesi Tengah, pada 1 September 1926 atau 23 Safar 1345. Selian menjadi Ketua Umum MUI, ia juga pernah menjadi Rektor Institut Ilmu Al-Qur'an (IIQ) Jakarta pada periode 2002-2005. Kiai Ali Yafie menghembuskan nafas terakhirnya di RS Premier Bintaro, Tangerang Selatan, Banten, pada 25 Februari 2023 lalu.
5. KH M Sahal Mahfudz (2000-2014)
KH M Sahal Mahfudz adalah seorang ulama NU yang dipercaya sebagai Ketum MUI selanjutnya, menggantikan Kiai Ali Yafie. Ia menahkodai MUI untuk masa bakti 2000-2014. Sebagai pemimpin pesantren, Kiai Sahal dikenal sebagai pendobrak pemikiran tradisional di kalangan NU yang mayoritas berasal dari kalangan akar rumput.
Kiai Sahal lahir pada tanggal 17 Desember 1937, di Desa Kajen, Margoyoso Pati. Dalam perjalanan hidupnya, Kiai Sahal juga mengasuh Pesantren Maslakul Huda Putra sejak 1963. Pesantren di Kajen, Margoyoso, Pati, Jawa Tengah ini didirikan oleh ayahnya, KH Mahfudz Salam pada 1910.
Kiai Sahal wafat pada hari Jumat, 24 Januari 2014, dini hari, pukul 01.05 WIB di kediamannya, komplek Pondok Pesantren Maslakul Huda Kajen, Pati, Jawa Tengah dalam usia 78 tahun.