Gema Takbir mengumandangkan kebesaran Allah di nusantara ternyata meluas, bahkan hingga ke Papua. Lautan luas diterabas, ombak diterjang oleh muslim untuk menyiarkan Islam ke penjuru nusantara. Di bumi Papua, kita dapat merasakan kehadiran dakwah Islam, bahkan sejak lima ratus tahun yang lalu.

Papua sendiri telah dikenal sejak lama. Pada masa Kerajaan Sriwijaya, Papua disebut Janggi. Pelaut Portugis yang pernah singgah di Papua tahun 1526-1527 menyebutnya ‘Papua.’ Namun ada pula yang menyebutnya Isla de Oro (Island of Gold). Kemiripan fisik orang Papua dengan orang Afrika membuat pelaut Spanyol menyebutnya ‘Nieuw Guinea’, merujuk pada wilayah Guinea di Afrika Barat. Papua, mungkin juga berasal dari bahasa Melayu, pua-pua, yang berarti keriting. Istilah ini dipakai oleh William Mardsen tahun 1812, dan terdapat dalam salah satu kamus bahasa Melayu -Belanda karya Von der Wall tahun 1880, dengan kata ‘papoewah’ yang berarti orang yang berambut keriting.

Istilah Papua sendiri tampaknya berasal dari bahasa Tidore, Papo Ua, yang berarti tidak bergabung atau tidak bersatu. Maksudnya adalah wilayah luas dan tanah besar itu (Papua) tidak termasuk ke dalam induk kesultanan Tidore.

Berbagai sebutan untuk Papua menyiratkan pada kita, akan keragaman bangsa yang berinteraksi dengan orang-orang Papua. Salah satu bangsa yang diketahui berhubungan dagang dengan orang-orang Papua adalah pedagang Cina. Pertukaran barang seperti porselin dan tembikar terjadi diantara mereka. Bahkan di kalangan masyarakat Seruni, terdapat keturunan Cina. Hubungan lain tercipta antara Kerajaan Majapahit dengan orang-orang Papua. Terutama dengan penduduk Papua di Onin (Wwanin), Fakfak. Hubungan ini diketahui dari Syair Negarakertagama karya Empu Prapanca (1365M), dalam sebuah bait syair disebutkan kata Wwanin (Onin, Fakfak) dan Sran (Kowiai atau Kaimana).

Tak hanya dengan bangsa di Asia, para penjelajah Eropa juga telah mengunjungi Papua sejak abad ke 16. Tahun 1526, misalnya, Gubernur Portugal pertama di Maluku bernama Jorge de Menesez mengunjungi Pulau Waigeo (Raja Ampat). Tahun 1545, Kapten Ynigo Ortiz de Retez  dari Spanyol mencapai sekitar Sarmi, di muara Sungai Mamberamo. Ia kemudian memberi nama pulau itu (Papua) Nueva Guinea.[5] Hubungan orang Papua, yaitu Raja Waigeo dengan orang Portugis bisa ditelusuri dari catatan perjalanan Miguel Roxo de Brito, yang menjelajah ke Raja Ampat tahun 1581. Dari catatan De Brito, tampaknya dapat kita simpulkan Raja Waigeo telah memeluk agama Islam.

Kontak-kontak orang-orang Papua dengan berbagai pihak tersebut biasanya sebatas perdagangan. Namun kontak orang-orang Papua dengan muslimlah yang kemudian memberikan dampak yang berbeda. Kontak orang-orang Papua dengan muslim tak hanya terbatas pada soal perdagangan, namun juga perubahan hidup mereka dengan memeluk Islam.

Syiar Islam di Bumi Papua terjadi terutama terkonsentrasi di wilayah Papua Barat, mulai dari Raja Ampat hingga Fakfak. Ada beberapa versi mengenai masuknya Islam di Papua. Kebanyakan sumber sejarah masuknya Islam di Papua berdasarkan sumber-sumber lisan masyarakat setempat. Versi Papua, misalnya, berdasarkan legenda di masyarakat setempat, khususnya di Fakfak. Versi ini menyebut Islam bukanlah dibawa dari luar seperti Tidore atau pedaganh Muslim, tetapi Papua sudah Islam sejak Pulau Papua diciptakan oleh Allah. Versi ini tentu saja tidak bisa diterima, namun secara tersirat versi ini menandakan Islam di Papua telah menjadi kepercayaan yang menyatu dengan masyarakat setempat.

Versi lain adalah versi Aceh. Versi ini berdasarkan sejarah lisan dari daerah Kokas (Fakfak) yang menyebutkan Syekh Abdurrauf dari Kesultanan Samudera Pasai mengirim Tuan Syekh Iskandar Syah untuk berdakwah di Nuu War (Papua) tahun 1224. Syekh Iskandar kala itu membawa beberapa kitab yakni mushaf Al Qur’an, kitab hadits, kitab tauhid dan kitab kumpulan doa. Ada pula manuskrip yang ditulis di atas pelepah kayu, mirip daun lontara. Beberapa manuskrip tersebut diyakini selamat hingga saat ini. Namun versi ini perlu dipertimbangkan kembali, mengingat btu nisan Sultan pertama Pasai, Malik As Shalih di Pasai berangka tahun 1297M. Artinya, abad ke 13 adalah masa-masa awal Kesultanan Samudera Pasai. Dakwah Kesultanan Samudera Pasai saat itu (abad ke 13) sepertinya masih terkonsentrasi di Sumatera, mengingat saat itu, wilayah-wilayah lain di Sumatera pun belum sepenuhnya memeluk Islam. Manuskrip warisan yang disimpan hingga kini, akan lebih baik jika diteliti secara filologi.

Menurut tradisi lisan lain di Fakfak, Islam disebarkan oleh mubaligh bernama Abdul Ghafar asal Aceh pada tahun 1360-1374 di Rumbati. Makam dan Masjid Rumbati menjadi peninggalannya. Namun informasi lain menyebut Abdul Ghafar datang ke Rumbati tahun 1502 M. Kemungkinan ini perlu ditinjau kembali, terutama dalam hal waktu masuknya Islam. Kemungkinan Abdul Ghafar datang pada abad ke 16, bersamaan dengan masa keemasan Kesultanan Ternate dan Tidore sebagai bandar jalur sutera dan meluaskan kekuasaannya dari Sulawesi hingga Papua.

Versi lain masuknya Islam di Papua adalah versi Arab. Versi ini menyebutkan Islam di Papua disebarkan oleh seorang sufi bernama Syarif Muaz al Qathan (Syekh Jubah Biru) dari Yaman , yang terjadi pada abad ke 16. Hal ini sesuai dengan adanya Masjid Tunasgain yang dibangun sekitar tahun 1587. Informasi lain menyebut Syekh Jubah Biru datang pada tahun 1420M.

Pendapat yang tampaknya lebih kuat mengenai masuknya Islam di Papua adalah datangnya Islam di Papua melalui Kesultanan Bacan (Maluku). Di Maluku terdapat empat Kesultanan, yaitu, Bacan, Jailolo, Ternate dan Tidore (Moloku Kie Raha atau Mamlakatul Mulukiyah). J.T. Collins, menyebutkan, berdasarkan kajian linguistik, Kesultanan Bacan adalah Kesultanan tertua di Maluku. Syiar Islam oleh Kesultanan Bacan disebarkan di wilayah Raja Ampat.