Namun, masa panen pemikiran Islam mulai redup seiringdengan jatuhnya Baghdad dari serangan pasukan babar dari padang rumput Mongolia yang dipimpin cucu Jengis Khan, Hulagu. Pada tanggal 29 Januari 1258, kota Baghdad mulai dikepung pasukan Mongol dibawah pimpinan jenderal Cina, Guo Khan. Sepekan kemudian, yakni pada tanggal 5 Pebruari, benteng disekitar Baghdad dikuasainya. Khalifah
kemudian berusaha bernegosiasi dengan Hulagu tetapi ditolaknya. Akhirnya pada tanggal 10 Februari, Baghdad resmi menyerah.
Pasukan Mongol mulai memasuki kota pada tanggal 13 Februari. Tak ayal lagi kebiadaan segera meledak.
Pembantaian, penjarahan, pemerkosaan, dan pembakaran terjadi di mana-mana. Bala tentara Mongol itu menjarah dan menghancurkan masjid, perpustakaan, istana, rumah sakit, dan juga banyak bangunan bersejarah. Perpustakaan di kota Baghdad pun dihancurkan. Ribuan koleksi buku dibuang ke Sungai Tigris hingga warna air sungai itu berubah seperti warna tinta.
Khalifah al-Mus'tasim ditangkap dan disuruh melihat rakyatnya yang sedang disembelih dijalan-jalan dan
hartanya yang dirampas. Kemudian setelah itu khalifah dibunuh dengan cara dibungkus dengan permadani dan diinjak-injak dengan kuda sampai mati. Semua anaknya dibunuh kecuali satu yang masih kecil dijadikan budak dan dibawa ke Mongol.
Namun ironisnya, delapan ratus tahun, di masa moderen ini, Baghdad mengalami hal yang sama. Bala tentara Amerika Serikat dan sekutunya ganti datang memporakporandakan dan menjarah kota tua itu. Sama dengan dahulu, kehancurannya pun sifatnya meluas dan total. Istilahnya pun sama: jangankan batu, kerkilpun sudah tak ada lagi di Baghdad...!
Sejarah itu hanyalah pengulangan, maka waspadalah...!