Selain itu, berdasarkan pemberitaan Republika pada 15 Mei 2011, Menteri Agama waktu itu, Suryadharma Ali mempersilahkan kepada siapa pun yang bisa membuktikan bahwa adanya keterkaitan antara Pesantren Al Zaytun di Indramayu, Jawa Barat, yang didirikan oleh Panji Gumilang dengan Negara Islam Indonesia (NII).

"Siapa yang mengatakan Al Zaytun terkait NII silahkan bukitkan, jangan cuma dikatakan. Kalau kita menuduh tanpa pembuktian khawatir menjadi fitnah," kata Suryadharma Ali waktu itu.

Ia menegaskan, jika memang terbukti ada keterkaitan antara Pesantren Al Zaytun dengan NII mengapa pihak keamanan polisi sampai sekarang tidak memprosesnya secara hukum.

"Kalau memang terbukti mengapa pihak kemanan tidak memproses, itu kalau memang terbukti," ujar Suryadharma Ali. Terkait kedatangannya ke Pondok Pesantren Al Zaytun, Menag menyatakan bahwa kunjungan dirinya ke tempat tersebut merupakan sebuah langkah yang diambil pihaknya untuk melihat langsung apa yang dikerjakan di sana.

"Saya datang ke sana (Pesantren Al Zaytun) melihat apa yg dikerjakan, bukan hanya sekedar menyimpulkan apa yang dikerjakan. Jadi saya melihat apa yang dikerjakan di sana. Saya tidak melihat, sistem pengaitan lembaga Al Zaytun dengan NII," katanya.

Menurutnya, susah untuk mengaitkan Pesantren Al Zaytun dengan NII karena dari segi pengelolaan gedung, pendidikan, biaya pendidikan dan manajemen sudah menggunakan sistem yang modern.

"Di sana, dari segi gedung sangat modern, pengelolaan pendidikan modern, pembiayaan pendidikan dengan cara yg modern, manajemen modern dan apresiasi terhadap seni musik jauh lebih besar. Atas dasar itu, saya melihat sesuatu yang berbeda kalau pondok pesantren tidak memiliki pandangan yang radikal itu tidak terlihat tanda-tanda itu," katanya.

Adapun jenjang pendidikan yang berada di bawah binaan Kemenag itu terdiri atas Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTs), Madrasah Aliyah (MA) ataupun pondok pesantren.

Hal itu disampaikan Kasubag TU Kantor Kemenag Kabupaten Indramayu, Aan Fathul Anwar. Dia menyatakan, pihaknya selama ini melakukan pembinaan dan pengawasan terhadap semua jenjang pendidikan yang ada di Mahad Al-Zaytun.

"Semua tingkatan pendidikan di sana (kualitasnya) bagus semuanya, ada MI, MTs, MA dan ponpes. Kurikulum yang mereka terapkan sesuai dengan kurikulum dari Kemenag,’’ kata Aan, saat ditemui di ruang kerjanya, Rabu (26/4/2023).

Aan mengatakan, pihak Mahad Al-Zaytun memiliki rencana pelaksanaan pembelajaran (RPP) dan dokumen kurikulum. Setiap tahun, RPP dan dokumen itu ditandatangani oleh Kemenag Indramayu untuk MI dan MTs. Sedangkan untuk MA, kewenangannya di Kemenag provinsi.

‘’Kurikulumnya dari Kemenag karena Al Zaytun itu dapat dana BOS (bantuan operasional sekolah). Kalau (kurikulumnya) tidak sesuai, saya tarik BOS-nya. Al-Zaytun setiap tahun dapat dana BOS lebih dari Rp 1 miliar untuk semua tingkatannya,’’ kata Aan.

Di samping kurikulum baku yang ditetapkan Kemenag, Aan mengakui, Mahad Al-Zaytun juga menerapkan ‘suplemen’ dalam pembelajaran kepada para santri mereka. Selama ini, Kemenag juga melakukan pengawasan terhadap suplemen pembelajaran terhadap para santri di sana.

Aan menyebutkan, ‘suplemen’ yang diberikan kepada para santri di Mahad Al-Zaytun, di antaranya berupa penerapan bahasa Inggris dan bahasa Arab. Selain itu, juga teknologi informasi atau IT.

 ‘’Untuk suplemen, kita berikan kebebasan kepada masing-masing lembaga pendidikan. Yang penting kurikulum bakunya diterapkan. Dan mereka (Al-Zaytun) ikuti semua (ketentuan Kemenag),’’ kata Aan.

Aan menambahkan dengan kualitasnya yang bagus, Mahad Al-Zaytun sebenarnya memberikan banyak kontribusi terhadap peningkatan mutu pembelajaran. Dia bahkan pernah meminta kepada pihak Mahad Al-Zaytun untuk menularkan kualitasnya yang bagus itu ke lembaga pendidikan lainnya.

"Saya kan tantang, Al-Zaytun kan bagus nih. Coba sih di-share ke kita yang ada di madrasahnya. Kalau punya sesuatu yang baik itu tularkan, jangan untuk sendiri saja. Seperti misalnya untuk peningkatan mutu guru. Dan mereka jawab, mangga (silakan),’’ kata Aan.