Dalam fatwa ini, MUI mendasarkan diri pada ayat-ayat Alquran dan Hadis Rasulullah SAW. Beberapa ayat yang menjadi landasan MUI tersebut, yakni tentang peran manusia sebagai khalifah di muka bumi. Peran yang sempat dipertanyakan makhluk Allah semulia malaikat.
"Ingatlah ketika Tuhanmu berfirman kepada para Malaikat: Sesungguhnya Aku hendak menjadikan seorang khalifah di muka bumi. Mereka berkata: "Mengapa Eng kau hendak menjadikan (khalifah) di bumi itu orang yang akan membuat kerusakan padanya dan menumpahkan darah. Padahal, kami senantiasa bertasbih dengan memuji Engkau dan menyucikan Engkau?" Tuhan berfirman: Sesungguhnya Aku me ngetahui apa yang tidak kamu ketahui." (QS al Baqarah: 30).
Saat menjelaskan ayat ini, penulis buku Paradigma al-Fatihah, Dr M Masri Muadz menjelaskan, pertanyaan malaikat terha dap kekhalifahan manusia itu boleh saja dipertanyakan malaikat. Namun, Allah memiliki skenario-Nya sendiri. Menurut dia, skenario besar Allah tentang seluruh kehidupan adalah bahwa Alquran, manusia, dan alam, telah diciptakan-Nya dengan peranan yang jelas. Manusia sebagai khalifah, bumi sebagai pendukung kekhalifahan dan Alquran sebagai pedoman kekhalifahan.
Ayat Alquran lainnya yang menjadi dalil dari fatwa MUI menunjukkan jika Allah SWT sudah menundukkan apa yang ada di langit dan dibumi untuk kepentingan manusia. "Tidakkah kamu perhatikan se sungguhnya Allah telah menundukkan untuk kepentinganmu apa yang di langit dan apa yang di bumi dan menyempurnakan untukmu nikmat-Nya lahir dan batin. Dan, di antara manusia ada yang membantah tentang (keesaan) Allah tanpa ilmu pe ngetahuan atau petunjuk dan tanpa Kitab yang memberi penerangan." (QS Luqman: 20).
Meski demikian, Allah SWT yang Maha Tahu sudah menjelaskan jika alam yang rusak merupakan akibat dari perbuatan manusia. Kerusakan ini pun akan kembali kepada mereka sendiri. "Telah tampak ke rusakan di darat dan di laut disebabkan ka rena perbuatan tangan manusia, supaya Allah merasakan kepada mereka sebahagian dari (akibat) perbuatan mereka, agar mereka kembali (ke jalan yang benar). (QS al-Rum [30]:41)
Karena itu, Allah SWT menyuruh kita untuk berbuat baik dan tidak merusak bumi. "Dan berbuat baiklah (kepada orang lain) sebagaimana Allah telah berbuat baik kepadamu, dan janganlah kamu berbuat kerusakan di (muka) bumi. Sesungguhnya Allah tidak menyukai orang-orang yang berbuat kerusakan. (QS al-Qashash :77).